A pianta regolare, è suddivisa in tre spazi liturgici: il presbiterio a tre piccole absidi, la navata e le due balconate per il gineceo ed il coro.
La magnifica iconostasi divide il presbiterio riservato ai celebranti dalla navata a cui accedono i fedeli.
La navata con pavimento di marmo a riquadri bianchi e neri è ingentilita da scanni lungo le pareti. Al centro, tra grandi candelabri, sono affiancate l’icona di San Nicolò e, sull’apposito proskinitirion, l’icona che ricorda la festività in atto.
La grande tela raffigurante Cristo in gloria circondato da angeli ricopre tutto il soffitto piano ed è ricca di effetti prospettici con balaustre e scorci di architettura classicheggiante. Tale dipinto, assieme alla sequenza degli apostoli ed evangelisti nella parte alta delle pareti, è opera del pittore Giacomo Graziosi e venne completato nel 1799.

Sulle pareti laterali due grandi quadri del piranese Cesare dell’Acqua (1821) raffiguranti a sinistra la Predicazione di Giovanni Battista e a destra Cristo tra i fanciulli; il quadro sopra la porta di destra raffigura la Filoxenia, ovvero L’ospitalità di Abramo verso gli angeli, ed è attribuibile alla stessa mano della tela del soffitto.

L’iconostasi
Nei luoghi di culto ortodossi separa il presbiterio dai fedeli: diffonde un senso di ricchezza con il luccichio dell’argento che incornicia e copre le icone che la compongono.
Fulcro del luogo sacro, è opera di ignoto intagliatore e risente di stile impero nella struttura generale e di stile barocco nella decorazione.
Simile a quella che era stata eseguita dal Treppan (1794) per il vecchio San Spiridione, essa si eleva su tre registri e si apre sul presbiterio con tre porte dette “regali”: al centro dei battenti di legno, intagliato e dorato, sono inseriti degli ovali dipinti a tempera. La maggior parte delle icone dell’iconostasi furono realizzate da Spiridione e Michele Speranza, padre e figlio giunti a Trieste da Corfù tra il 1784 e il 1786.

Sul coronamento, adornato a girali e volute, trova luogo il Crocifisso tra la Madonna e San Giovanni, decorato con simboli deli evangelisti realizzato dalla stessa mano che ha decorato le porte “regali”.
Le tre tele del registro superiore raffigurano Gesù nel Getsemani, la Deposizione e il Noli me tangere.
Nel registro di mezzo l’iconostasi reca ventuno icone a tempera su tavola con fondo oro che raffigurano la Vita di Gesù, dall’Annunciazione all’Ascensione.
Notevoli le otto icone del registro inferiore: sei delle splendide coperture d’argento lavorate a sbalzo sono dovute all’artista greco Costantino Ghertzos operante a Venezia e datate 1839-1856. Queste icone ricordano, nell’ordine da sinistra, San Giorgio, San Spiridione, San Nicolò, la Madonna col Bambino, Cristo in Trono, la Trinità, San Giovanni Precursore e Santa Caterina.
Le coperture delle due icone ai lati estremi, quelle di San Giorgio e di Santa Caterina, sono dovute la prima ad oreficeria russa del 1848, e la seconda ad un artista triestino.
 Dono di monaci ortodossi di Gerusalemme sono le otto piccole icone ottocentesche che riproducono in misura ridotta, le immagini delle grandi icone qui descritte, le coperture d’argento delle quali lasciano intravedere solo pochi particolari. Tali icone, che fanno mostra di se su eleganti mensole sottostanti, sono attribuibili ad una mano che ha assimilato motivi tardobarocchi pur operando in area medio-orientale.
Gli altari del presbiterio, visibili dalle porte regie dell’Iconostasi, sono inseriti in piccole absidi.
In quella centrale appaiono affreschi con i Santi Giovanni, Giacomo, Basilio e Atanasio che fanno da contorno alla SS. Trinità ed alla Madonna; nelle absidi laterali a sinistra la Natività e a destra la Deposizione dalla Croce.
Il pulpito ligneo, riccamente decorato da stucchi dorati, riporta quattro pannelli a tempera raffiguranti i quattro evangelisti mentre sulla porticina di accesso è raffigurante il Christos Basileus, tutti probabilmente opera della bottega di Spiridione e Michele Speranza. Il pulpito è coronato da un fregio austriaco i segno di gratitudine per la concessione, ricevuta dai regnati della casa d’Austria, alla costruzione della nuova chiesa.
Le balconate, poste sopra la porta d’ingresso e parzialmente sui lati, sono sostenute da mensole e colonne; quella inferiore, costituiva a suo tempo il gineceo, è decorata da dieci pannelli in olio su tela opera di due pittori veneti chiamati a decorarla nel 1840, Antonio Zona e Francesco Locatella. Raffigurano scene bibliche quali, nell’ordine, Il Sacrificio di Isacco, L’Entrata di Gesù in Gerusalemme, La Creazione di Eva, La Cacciata dei mercanti dal Tempio e Il Sogno di Giacobbe.
La balconata superiore, che costituisce il palco per i cantori, è decorata con tele che raffigurano La morte di Abele, Giona che fugge dalla balena e La Famiglia di Noè dopo il diluvio.

La Comunità è stata dotata di scuola propria dagli inizi dell’800. I defunti inizialmente riposavano in un primitivo cimitero sul colle di Montuzza e dal 1830 nel complesso cimiteriale di Sant’Anna. La piccola chiesa, consacrata ai Santi Apostoli è stata decorata dagli stessi artisti che in quegli anni operavano nel tempio in riva al mare.
La Comunità Greca Orientale fa parte della Chiesa Cattolica Ortodossa, quella dei primi sette Concili Ecumenici e la cui fede si mantiene inalterata fino ad oggi in accordi alle Scritture e alla tradizione degli Apostoli.
Il Capo della Chiesa è Cristo ed ogni chiesa locale è autocefala ed è governata dal Sinodo dei Vescovi; il primate di ciascuna è l’organo esecutivo della decisione del Sinodo.
I greci sono membri del movimento ecumenico per l’unità dei cristiani.
La chiesa ortodossa è membro fondatore del consiglio mondiale delle Chiese (riformate).